L'histoire du peuplement est mal connue. Les Comores ont d'abord été peuplées par des populations métissées d'Africains et d'Indonésiens ; ces derniers ont introduit la pirogue à balancier, la riziculture de brûlis et développé la culture du cocotier et de la banane plantain. Le fond de peuplement est cependant constitué de Bantous, assujettis et islamisés par des minorités arabes venues, du Xe siècle au XVIe siècle, du sud de l'Arabie et de Zanzibar. Ces « nobles » créèrent de petites villes côtières; des esclaves cultivaient leurs domaines, alors qu'une partie des premiers occupants se réfugiait dans les Hauts. Unifié à Anjouan et à Moili, le pouvoir était, à la Grande Comore, morcelé entre douze sultanats sans cesse en conflit. Au XVIe siècle, les Portugais prirent temporairement le contrôle des Comores. Au XVIIe siècle, les navigateurs européens, en route vers les Indes, prirent l'habitude de faire escale aux Comores. Au XIXe siècle, des Malgaches s'établirent à Moili. Partout, des aventuriers européens accaparèrent une bonne part des terres, les exactions des planteurs provoquant des révoltes. La France dut intervenir, mais elle ne remit pas en cause les spoliations foncières. En 1841, les Français prirent le contrôle de l'archipel; un traité officialisa en 1843 le rattachement de Mayotte aux possessions françaises de l'océan Indien. De 1865 à 1886, la France établit son protectorat sur l'archipel. Les planteurs de plantes à parfum (jasmin, ylang-ylang) possédaient près de la moitié de la Grande Comore, 40 % d'Anjouan, 20 % de Moili. Peu à peu, beaucoup de terres furent rétrocédées. En 1946, l'archipel put envoyer des députés au Parlement français. A l'issue du référendum de 1958, le statut de territoire d'outre-mer fut choisi. Le nationalisme ne se manifesta vraiment qu'en 1972 et aboutit à l'organisation d'un référendum, le 22 décembre 1974, qui remporta 95 % de « oui » dans l'ensemble de l'archipel, excepté à Mayotte où le « non » l'emporta. Avec bien des difficultés, Mayotte fut rattachée à la France dont elle devint une collectivité territoriale. Le 6 juillet 1975, Ahmed Abdallah, grand commerçant d'Anjouan, proclama unilatéralement l'indépendance des Comores et, le 8, fut élu président.
Les Comores ont connu une succession de régimes et de coups d'Etat, dans lesquels des mercenaires français ont le plus souvent joué un rôle essentiel: renversement du « père de l'indépendance », le président Ahmed Abdallah en août 1975; en 1978, renversement de son successeur, le président Ali Soilih, par un coup d'Etat d'Ahmed Abdallah soutenu par des mercenaires français et sud-africains; assassinat d'Ahmed Abdallah en 1989. Des élections générales portèrent alors à la tête de l'Etat, Saïd Mohamed Djohar (ou Johary), mais celui-ci, âgé et versatile, dut quitter le pouvoir en septembre 1995 après une nouvelle invasion de l'île par des mercenaires français. En 1992, une nouvelle Constitution fut approuvée par référendum. En septembre 1995, le mercenaire français «Bob» Denard tenta un nouveau coup d'État, qui fut mis en échec par l'armée française.
En mars 1996, Mohamed Taki Abdoulkarim accéda à la présidence de la République dans un climat politique incertain. En proie à une grave crise économique, Anjouan et Moili proclamèrent unilatéralement leur sécession de la République fédérale des Comores en août 1997 et demandèrent leur rattachement à la France. En mai 1998, le président M. Taki dut faire face au mécontentement général et procéda à la destitution du Premier ministre, Nourdine Bourhane, et à la constitution d'un nouveau gouvernement. La mort brutale du président en novembre amena Tadjidine ben Saïd Massounde au pouvoir. Chargé d'assurer l'intérim jusqu'à la tenue des prochaines élections présidentielles, ce dernier avait déjà été nommé Premier ministre en 1996 et président du Haut Conseil de la République des Comores, par M. Taki. Dans un effort de réconciliation, le chef de l'État confia la direction du gouvernement d'union nationale au représentant de l'opposition, Abbas Djoussouf. Le refus des séparatistes anjouanais de reprendre, avant le prochain scrutin, les négociations sur la création d'une Union conférant une large autonomie aux trois îles de l'archipel comorien, le malaise social engendré par la crise économique et enfin l'émergence de rivalités au sein du pouvoir, furent suivis, à la fin de l'année 1998, par de nouveaux affrontements entre milices rivales à Anjouan et par une tentative de putsch contre le président auto-proclamé, Abdallah Ibrahim. Cependant l'intervention d'une médiation française et l'arrivée de l'armée à Grande-Comore, permirent la signature d'un cessez-le-feu et le retour à un calme relatif. En avril 1999, le chef d'état-major, le colonel Azali Hassoumani, renversait le président Massonde et procédait à la dissolution des institutions élues, avant d'annoncer la formation, sous sa présidence, d'un exécutif constitué en majorité de civils, à la direction duquel, il désigna Blanrifi Tarmidi. A la fin de l'année, une tentative de médiation destinée à résoudre la crise comorienne fut initiée par l'OUA avec le soutien de la France. Le régime en place ne fut pas reconnu par la communauté internationale. En février 2001, les deux îles séparatistes signaient un accord avec Grande Comore prévoyant la création d'une nouvelle entité qui octroierait plus d'autonomie à chacune d'elles. Cet accord n'évita cependant pas l'éviction du chef de l'autorité d'Anjouan, le lieutenant-colonel Abeid, renversé en août lors d'un putsch militaire à l'issue duquel un triumvirat fut mis en place, affirmant sa volonté de poursuivre l'application du processus de réunification.
Après la démission, en janvier 2002, du président Hassoumani, inscrite dans le processus électoral découlant de la nouvelle constitution, visant à doter le pays d'une nouvelle structure fédérale, l'Union des Comores, regroupant Grande Comore, Mohéli et Anjouan, de nouvelles élections étaient convoquées en avril. Hassoumani était réélu avec près de 75 % des suffrages, mais le scrutin, qui avait été boycotté par deux des trois candidats, fut invalidé par la commission électorale.
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