L'histoire du peuplement est mal connue. Les Comores ont d?abord
été peuplées par des populations métissées
d'Africains et d'Indonésiens ; ces derniers ont introduit
la pirogue à balancier, la riziculture de brûlis
et développé la culture du cocotier et de la banane
plantain. Le fond de peuplement est cependant constitué
de Bantous, assujettis et islamisés par des minorités
arabes venues, du Xe siècle au XVIe siècle,
du sud de l'Arabie et de Zanzibar. Ces « nobles »
créèrent de petites villes côtières;
des esclaves cultivaient leurs domaines, alors qu'une partie
des premiers occupants se réfugiait dans les Hauts. Unifié
à Anjouan et à Moili, le pouvoir était,
à la Grande Comore, morcelé entre douze sultanats
sans cesse en conflit. Au XVIe siècle, les Portugais
prirent temporairement le contrôle des Comores. Au XVIIe siècle,
les navigateurs européens, en route vers les Indes, prirent
l'habitude de faire escale aux Comores. Au XIXe siècle,
des Malgaches s'établirent à Moili. Partout, des
aventuriers européens accaparèrent une bonne part
des terres, les exactions des planteurs provoquant des révoltes.
La France dut intervenir, mais elle ne remit pas en cause les
spoliations foncières. En 1841, les Français prirent
le contrôle de l'archipel; un traité officialisa
en 1843 le rattachement de Mayotte aux possessions françaises
de l'océan Indien. De 1865 à 1886, la France établit
son protectorat sur l'archipel. Les planteurs de plantes à
parfum (jasmin, ylang-ylang) possédaient près
de la moitié de la Grande Comore, 40 % d'Anjouan,
20 % de Moili. Peu à peu, beaucoup de terres furent
rétrocédées. En 1946, l'archipel put envoyer
des députés au Parlement français. À
l'issue du référendum de 1958, le statut de territoire
d'outre-mer fut choisi. Le nationalisme ne se manifesta vraiment
qu'en 1972 et aboutit à l'organisation d'un référendum,
le 22 décembre 1974, qui remporta 95 % de « oui
» dans l'ensemble de l'archipel, excepté à
Mayotte où le « non » l'emporta. Avec bien
des difficultés, Mayotte fut rattachée à
la France dont elle devint une collectivité territoriale.
Le 6 juillet 1975, Ahmed Abdallah, grand commerçant d'Anjouan,
proclama unilatéralement l'indépendance des Comores
et, le 8, fut élu président.
Les Comores ont connu une succession de régimes et de
coups d'État, dans lesquels des mercenaires français
ont le plus souvent joué un rôle essentiel: renversement
du « père de l'indépendance »,
le président Ahmed Abdallah en août 1975; en 1978,
renversement de son successeur, le président Ali Soilih,
par un coup d'État d'Ahmed Abdallah soutenu par des mercenaires
français et sud-africains; assassinat d'Ahmed Abdallah
en 1989. Des élections générales portèrent
alors à la tête de l'État, Saïd Mohamed
Djohar (ou Johary), mais celui-ci, âgé et versatile,
dut quitter le pouvoir en septembre 1995 après une
nouvelle invasion de l'île par des mercenaires français.
En 1992, une nouvelle Constitution fut approuvée par
référendum. En septembre 1995, le mercenaire français
«Bob» Denard tenta un nouveau coup d'État,
qui fut mis en échec par l'armée française.
En mars 1996, Mohamed Taki Abdoulkarim accéda à
la présidence de la République dans un climat
politique incertain. En proie à une grave crise économique,
Anjouan et Moili proclamèrent unilatéralement
leur sécession de la République fédérale
des Comores en août 1997 et demandèrent
leur rattachement à la France. En mai 1998,
le président M. Taki dut faire face au mécontentement
général et procéda à la destitution
du Premier ministre, Nourdine Bourhane, et à la constitution
d'un nouveau gouvernement. La mort brutale du président
en novembre amena Tadjidine ben Saïd Massounde au pouvoir.
Chargé d'assurer l'intérim jusqu'à la tenue
des prochaines élections présidentielles, ce dernier
avait déjà été nommé Premier
ministre en 1996 et président du Haut Conseil de
la République des Comores, par M. Taki. Dans un effort
de réconciliation, le chef de l'État confia la
direction du gouvernement d'union nationale au représentant
de l'opposition, Abbas Djoussouf. Le refus des séparatistes
anjouanais de reprendre, avant le prochain scrutin, les négociations
sur la création d'une Union conférant une large
autonomie aux trois îles de l'archipel comorien, le malaise
social engendré par la crise économique et enfin
l'émergence de rivalités au sein du pouvoir, furent
suivis, à la fin de l'année 1998, par de nouveaux
affrontements entre milices rivales à Anjouan et par
une tentative de putsch contre le président auto-proclamé,
Abdallah Ibrahim. Cependant l'intervention d'une médiation
française et l'arrivée de l'armée à
Grande-Comore, permirent la signature d'un cessez-le-feu et
le retour à un calme relatif. En avril 1999, le chef
d'état-major, le colonel Azali Hassoumani, renversait
le président Massonde et procédait à la
dissolution des institutions élues, avant d'annoncer
la formation, sous sa présidence, d'un exécutif
constitué en majorité de civils, à la direction
duquel, il désigna Blanrifi Tarmidi. À la fin
de l'année, une tentative de médiation destinée
à résoudre la crise comorienne fut initiée
par l'OUA avec le soutien de la France. Le régime en
place ne fut pas reconnu par la communauté internationale.
En février 2001, les deux îles séparatistes
signaient un accord avec Grande Comore prévoyant la création
d'une nouvelle entité qui octroierait plus d'autonomie
à chacune d'elles. Cet accord n'évita cependant
pas l'éviction du chef de l'autorité d'Anjouan,
le lieutenant-colonel Abeid, renversé en août lors
d'un putsch militaire à l'issue duquel un triumvirat
fut mis en place, affirmant sa volonté de poursuivre
l'application du processus de réunification.
Après la démission, en janvier 2002, du
président Hassoumani, inscrite dans le processus électoral
découlant de la nouvelle constitution, visant à
doter le pays d'une nouvelle structure fédérale,
l'Union des Comores, regroupant Grande Comore, Mohéli
et Anjouan, de nouvelles élections étaient convoquées
en avril. Hassoumani était réélu avec près
de 75 % des suffrages, mais le scrutin, qui avait été
boycotté par deux des trois candidats, fut invalidé
par la commission électorale.