L'économie du pays, usée par quinze ans de régime marxisant (1975-1990), est repartie un peu, mais en 1994 l'inflation a annulé les effets positifs de la dévaluation du franc CFA. Le secteur agricole, en voie de privatisation, demeure la grande ressource du pays. Le cacao est une quasi-monoculture, mais, à la fin des années 1990, la production ne représente plus que le tiers de celle des années 1960. La balance commerciale est très déficitaire, et São Tomé et Príncipe fait partie des pays très pauvres du monde : la dette extérieure s'élève à environ 900 % du PNB; l'aide internationale est égale au PNB.
Le sol, très riche, se prête bien à l'agriculture et, outre le cacao, produit du café, des noix de coco et de palme (donnant de l'huile et du coprah). L'élevage (bovin, petit bétail, porcs) et la pêche complètent le secteur agricole. Si l'hydroélectricité est utilisée, les industries sont rares, mis à part dans le secteur agroalimentaire.