Etat formé des îles de São Tomé et de Príncipe (992 km2), situées dans le golfe de Guinée, à environ 350 km au large des côtes du Gabon.
L'archipel est formé de deux îles: São Tomé (850 km²), ou Saint-Thomas, et, plus au nord, Príncipe (142 km²), ou île du Prince. Extrêmement accidenté, le relief, issu d'une activité volcanique très ancienne, comprend de nombreux pics érodés, le pico de São Tomé («Cao grande») culminant à 2.024 m, et le pico de Príncipe à 948 m.
Le climat est de type tropical humide. La topographie abrupte, ainsi que les vents océaniques en provenance du sud-ouest, créent une grande diversité d'habitats : le nord-ouest de São Tomé, protégé des vents, reçoit une pluviométrie annuelle moyenne de 2.000 mm et est couvert de savane. Le Sud-Ouest, très arrosé (7.000 mm) et plus chaud, possède une végétation luxuriante. Les zones basses (jusqu'à 800 m d'altitude), cultivées de façon intensive du début du XIXe siècle jusque dans les années 1970, sont aujourd?hui reconquises par des forêts secondaires (capoeiras).
Deux parcs naturels (295 km²), les parc Ôbo de São Tomé et Ôbo de Príncipe, assurent la protection de tous les biotopes présents sur l'archipel (forêts, mangroves et savane) qui abritent un grand nombre d'espèces animales (oiseaux, tortues marines) et végétales endémiques, d'un grand intérêt scientifique.